Crisis Core è una vera e propria Killer Application! Crisis Core è il prequel ufficiale di uno degli episodi più apprezzati della saga Final Fantasy.

La storia si svolge 7 anni prima di Final Fantasy VII: Zack, che rimane l'eroe principare, è un soldato di seconda classe, che sogna di diventare soldato di prima classe e trascorre i suoi giorni portando a termine pericolose missioni. Angeal, il suo mentore, un soldato di prima classe, lo supervisiona nelle sua azioni. Un giorno però, durante un'operazione in Wutai, scompare misteriosamente un soldato di prima classe, Genesis e, assieme a lui, tutto il suo gruppo. I dirigenti della Shinra Corporation, comprendendo la gravità della situazione, decidono di indagare sulla questione e di ritrovare i dispersi. Gli agenti scelti per la missione sono Zack e Angeal per indagare sulla questione e per capire cosa è successo a Genesis e cosa lega i tre soldati di prima classe. Una dura lotta li attende....